La sombra del inquisidor narra la historia de Cristóbal, un joven aprendiz de alquimista que emprende un viaje épico en busca de la sabiduría. Tras presenciar la persecución, por parte de la Inquisición, de Trimius, el maestro de la Hermandad de Filósofos, Cristóbal se une al maestro de obras Alboel en un viaje que lo llevará a través de los peligrosos ríos y caminos de la Alemania de los inicios del Renacimiento. En Maguncia, Cristóbal se ve envuelto en la lucha contra la intolerancia y la superstición, mientras que en Núremberg se reencuentra con Elizabeth, una joven de la que se enamora en secreto. A lo largo de su viaje, Cristóbal se enfrentará a numerosos desafíos, incluyendo un naufragio, la esclavitud en Túnez y la amenaza constante de la Inquisición. Guiado por el libro de La torre del Umbral del Mundo, un regalo de Trimius, el joven se sumergirá en el estudio de la alquimia, la magia y la filosofía hermética. En su periplo, Cristóbal conocerá a personajes fascinantes, como el astrólogo Jakob Faust, el impresor Fausto, de Núremberg, o el alquimista Kerem, quienes le ayudarán en su camino hacia la mae
